Puente la Reina es núcleo de población que surgió espontáneamente en un cruce de carreteras (hacia Pamplona, Jaca, Huesca y valle de Hecho) y fue elegido como sede del nuevo municipio surgido de la fusión de los antiguos Santa Engracia y Javierregay.

En Puente la Reina estuvo la villa de Astorito, al amparo de su puente (llamado "el puente de la Reina") , etapa obligada del Camino de Santiago en época medieval. La localidad fue despoblada hacia el siglo XIV, y su estratégico puente acabó arruinado. En 1880 se proyectó la construcción de uno nuevo al servicio de la carretera de Pamplona y se determinó denominarlo como el antiguo (cuyos restos se ven en un km. aguas arriba).

En cuanto a los edificios religiosos, destaca la ermita de San Babil, una construcción románica del siglo XII que consta de una única nave con ábside semicircular. El templo constituye una de las más importantes encrucijadas del Camino de Santiago y por ella circula el Gran Recorrido GR 65.3 Camino de Santiago que comprende la ruta entre Somport y Undués de Lerda, de 195 km en cinco etapas.